赤豆成熟期往往不一致，基部莢果已呈現黑色，而上部的莢果還為青色或尚在灌漿。小麵積栽培可分多次采摘，收後晾曬促進後熟，然後脫粒，揚淨曬幹後入庫貯藏。赤豆的含水量必須在13%以下，否則極易變質。種子的壽命一般可保持在3～4年，在良好的貯藏條件下，保存4～5年仍有較高的發芽率。

在貯藏過程中防治豆象危害十分重要。豆象發生嚴重時，蟲蛀率達100%。防治方法：一是將豆堆表麵翻動後堆成30厘米小堆，頂端插以草把或玉米穗軸。經過一段時間，草把或玉米穗軸上集滿害蟲，取出後用沸水燙死。二是可用敵敵畏、溴甲烷、磷化鋁等熏蒸劑熏蒸滅蟲。敵敵畏劑量為每立方米糧堆用300毫克80%敵敵畏乳油。溴甲烷熏蒸劑量為每立方米糧堆30克，密閉48小時。片劑磷化鋁劑量為每立方米糧堆3克，密閉5～7天。